Tiếp nối những sự kiện của phần trước, Thomas và nhóm bạn không những tìm được lối thoát khỏi Mê Cung chết người tại Glade (Trảng Cỏ), họ còn phát hiện ra những gì họ phải đối mặt thực chất là một thí nghiệm của tổ chức bí ẩn mang tên WCKD. Tuy nhiên, mọi chuyện không hề chấm dứt như họ tưởng, Thomas và nhóm bạn tiếp tục bị gài bẫy bởi đội quân tự xưng là phe kháng chiến tới giải cứu. Đây chính là khởi đầu cho Giai Đoạn 2 của thí nghiệm diễn ra tại địa điểm The Scorth (Đất Cháy).